การทำงานของเครนเรียงซ้อนอาศัยระบบควบคุมเป็นหลักในการจัดการอุปกรณ์จากส่วนกลาง โดยดำเนินงานต่างๆ เช่น การจัดเก็บขาเข้า การดึงสินค้าขาออก และการขนถ่ายสินค้าตามข้อกำหนดการปฏิบัติงานของคลังสินค้า ผู้ปฏิบัติงานป้อนคำสั่งผ่านแผงควบคุม และระบบจะกำหนดลำดับการทำงานของเครนตามตำแหน่งของสินค้าและช่องจัดเก็บเป้าหมาย ในคลังสินค้าที่มีพื้นที่สูง-แบบอัตโนมัติสูง เครนยกซ้อนสามารถรับงานได้โดยตรงจากระบบการจัดการคลังสินค้า (WMS) และดำเนินการที่เกี่ยวข้องโดยอัตโนมัติตามโปรแกรมที่ตั้งไว้ล่วงหน้า
ในการเริ่มต้น เครนเรียงซ้อนใช้กลไกการเคลื่อนที่เพื่อเคลื่อนไปยังตำแหน่งทางเดินที่กำหนด กลไกการยกจะปรับความสูงของแท่นรับน้ำหนักเพื่อจัดแนวงาให้ตรงกับช่องจัดเก็บเป้าหมาย สำหรับการปฏิบัติการขาออก ส้อมจะขยายไปทางชั้นวางเพื่อดึงสินค้าที่จัดวางบนพาเลทแล้วถอยกลับ สำหรับการปฏิบัติการขาเข้า เครนจะขนส่งสินค้าไปยังช่องที่กำหนดและกางส้อมเพื่อวางสินค้าลงบนชั้นวาง เมื่อทำงานเสร็จสิ้น เครนเรียงซ้อนจะดำเนินการต่อไปยังคำสั่งถัดไป ทำให้สามารถจัดเก็บและดึงสินค้าได้อย่างต่อเนื่อง
โดยทั่วไปการทำงานของเครนเรียงซ้อนจะแบ่งออกเป็นโหมดแบบแมนนวล กึ่ง{0}}อัตโนมัติ และอัตโนมัติ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับระดับการควบคุม การดำเนินการแบบแมนนวลเกี่ยวข้องกับบุคลากรที่ควบคุมอุปกรณ์เพื่อดำเนินการเคลื่อนไหวเฉพาะ ทำให้เหมาะสำหรับงานต่างๆ เช่น การทดสอบการเดินเครื่องและการบำรุงรักษาอุปกรณ์ การทำงานแบบกึ่ง-อัตโนมัติต้องใช้มนุษย์ในขั้นตอนบางอย่าง ในขณะที่ระบบควบคุมจะจัดการกับการทำงานที่เหลือ ในการทำงานอัตโนมัติ ระบบจะดำเนินการเคลื่อนไหวโดยอัตโนมัติ-รวมถึงการเคลื่อนตัว การยก และการยืด/ดึงกลับทางแยก-ตามโปรแกรมที่ตั้งไว้ล่วงหน้า โหมดการทำงานที่เหมาะสมจะถูกเลือกโดยพิจารณาจากปัจจัยต่างๆ เช่น ขนาดคลังสินค้า ข้อกำหนดในการปฏิบัติงาน และระดับของระบบอัตโนมัติ
